大学是教学与研究的圣殿，独立精神与自由思想是它坚实的根基。要继续扮演好这崇高的角色，大学无疑要留住这根基。
当年蔡元培踏足北大，怀揣“兼容并包，思想自由”的良策，在麾下招纳了大批贤良之士，成就现代百家争鸣，这是对自由思想的推崇；罗家伦在清华改隶废董，这是希望大学独立于行政；梅贻琦曾言：“大学之大，在大师也，非在大官也”，这是希图教授治校，也是不愿攀附于官员；至于胡适破格录取罗家伦及其著名箴言“教育当引导社会，而非随逐于社会也”，则说的是大学当摒弃世俗偏见，独立于舆论严威。可以说，近代史上中国大学拥有良好开端，以其独立自由的根本精神开启了一个波澜壮阔的时代。
随后便是高等教育史上两个节点：1952年的院系调整，1977年的恢复高考。此后，高校如雨后春笋般涌现，高等教育突飞猛进。进入新世纪，大学的蓬勃发展方兴未艾，中国也开始迈入高等教育大众化的时代。然而发展中的弊端日渐显露，大学的繁枝茂叶下是土壤的贫瘠和根系的孱弱。
北京大学中文系教授温儒敏指出，中国大学有五大弊端。仅以项目化为例，名教授不喜教本科，竞相争取研究项目及科研资金或者竭力创收。这在耶鲁大学等美国大学是严令禁止且得到良好贯彻执行的。还有，当年中央美院一年级新生由徐悲鸿亲自教授素描入门，这一点也足以让当今许多教授自惭形秽。
当前名校饱受诟病的招生政策明显向城市、向“优秀生源基地”倾斜，造成农村学生比例极低的惊人现象。清华大学在百年校庆时的宣传册上以官职高低而非资历或成就给校友排位也引来一片质疑，舆论认为这是官本位思想的外在表现，是大学向权利献媚。像温儒敏总结的，这一切严重腐蚀了近代以来形成的现代大学精神。大学的根发生软化甚至动摇。
要留住大学精神，当有校长的非凡魄力，有独立健全的运行体制，有浓厚纯正的学术氛围和卓越的眼光和定位。南方科技大学作为高校改革的试点，在全球招募校长，自主招生，独立于高考。其校长朱清时在中科大任校长是深觉束缚，希冀在深圳开辟新一片天地。他如今携南方科技大风雨前行——改革之路任重而道远。
陈丹青曾问：今日的北大可还是蔡元培的北大？清华还是梅贻琦的清华？要给出肯定的答复，还需中国大学守住独立自由，把根留住。
